Die Ursprünge der romanischen Kirche lassen sich bis zum Ende des 12. Jahrhunderts zurückverfolgen.

Die St.-Johannes-Kirche in Bad Zwischenahn wurde im Jahr 1124 von Graf Egilmar, dem ersten Erbgrafen zu Oldenburg, als Tochterkirche von Wiefelstede gegründet. Sie ist das älteste Wahrzeichen Bad Zwischenahns und feiert im Jahr 2024 ihr 900jähriges Bestehen. Majestätisch erhebt sich die Kirche über die umliegenden Bauernschaften und präsentiert stolz ihre historische Schönheit am südlichen Uferbereich des Zwischenahner Meeres. Die Mauern der Kirche erzählen im Laufe der Jahrhunderte eine reiche Geschichte.

Ursprünglich im romanischen Stil erbaut, wurde die Kirche im Laufe der Zeit mit gotischen Elementen erweitert. Im 17. Jahrhundert wurde sie zu einer Predigtkirche umgestaltet und Emporen wurden ergänzt. 1736 erhielt der Westturm einen Dachreiter mit Uhr und Glocken. Zahlreiche Restaurierungsarbeiten an der Johanneskirche prägten das 20. Jahrhundert.

Ab 1904 wurde die Innenbemalung der Kirche wieder rekonstruiert und im Anschluss freigelegt. Im Zuge einer Restaurierung wurden 1964 die Bänke in Richtung des Altars ausgerichtet und die Sitzplatzanzahl von 565 auf 350 reduziert.
Der Innenraum der St.-Johannes-Kirche ist reich an Details, wie beispielsweise der mittelalterliche Wandschrank oder der Taufstein aus dem 15. Jahrhundert. Ein Meisterwerk der Schnitzkunst ist der Flügelaltar. Die Kanzel von 1653 zeigt Szenen einer Weihnachtsgeschichte.
Insgesamt ist die St.-Johannes-Kirche ein bedeutendes Bauwerk für mittelalterliche, sakrale Architektur.